Въпреки факта, че папа Франциск има много благоприятен ефект върху католическата църква, в нейната история имаше не само бели, но и черни ивици. Ето десетте най-големи скандала, избухнали във Ватикана, вариращи от секретни материали до изпитанието на мъртво тяло.
- Йоан XII е избран за наследник на Светия престол на 18-годишна възраст. Скоро името му гръмна на целия свят: младият понтифик неведнъж привлича вниманието на обществеността поради личния си живот, от който той се интересува много повече от делата на църквата. Списъкът с обвинения, повдигнати срещу Йоан, включва клауза, в която се посочва, че младият папа призовава демони, убива и измъчва хора, а също така често играе хазарт. Някои историци твърдят, че Йоан XII е имал много интриги с женени дами. Папството му завършва през 964 г., когато умира от сърдечен удар, като се твърди, че е прекарал време с една от любовниците си.
- Изглежда, че през 1470 г. папа Сикст IV „узрява“ навсякъде. Той имаше шест незаконни деца, едно от които се роди в резултат на връзката му със сестра си. Заслужава да се отбележи, че понтификът имаше свои принципи. Той донесе на църквата много пари, като събираше данъци от проститутки. Освен това, Сикст IV наредил на свещениците да плащат пари за правото да имат любовници, Папата обаче успял да запише името си в историята не само заради забързания си личен живот: Сикстинската капела (Cappella Sistina) е кръстена на него.
- В своята книга папа Стефан VI пише, че отмъщението е особено сладко след смъртта. Може би затова той поиска тялото на неговия предшественик, папа Формоза, да бъде ексхумирано, за да го изпрати в съда. Тялото на починалия понтифик бе признато за виновно в много престъпления, т.е. включително навикът му да се представя като архиепископ, след като е отстранен от това достойнство, Папа Стефан обаче след постъпката си също се сблъска с трудна съдба: той е арестуван и хвърлен в затвора, където умира през 897 година.
- Въпреки скандалното изтичане на секретни документи на католическата църква през 2012 г., за първи път тайните записи на Ватикана попаднаха в ръцете на обществеността през 1869 г., когато германското издание публикува преговорите на папа Пий IX с официални лица, където обсъдиха въздействието на рационализма, либерализма и материализма.
- Един от най-големите скандали избухна във Ватикана през 2010 г., хвърляйки сянка във времето на папството на Бенедикт XVI. Преди четири години репортери научиха, че помощникът на папата Анджело Балдучи и Чинеду Томас Ехием, член на хора на катедралата "Свети Петър" са участвали в схема за мъжка проституция, Полицията установява участието на Балдучи в този случай при подслушването на Айхем, който е участвал в директната доставка на млади хора на длъжностното лице. В момента разследващите са сигурни, че общо взето хористът е предоставил на Балдуй поне 10 срещи с млади хора, включително модерен човек и ръгбист.
- В самото начало на 2013 г. Ватиканът се сблъска със сериозни финансови проблеми, когато Централната банка на Италия спря да обслужва банкомати във Ватикана поради неспазване на властите на всички правила, насочени към предотвратяване пране на пари, Невъзможността да се използват пластмасови карти струва на Ватикана около 3 хиляди евро на ден до 12 февруари, когато швейцарската банка се съгласи да осигури стабилната работа на празни банкомати.
- На 28 юни 2013 г. Нунцио Скрарано, бившият шеф на счетоводния отдел, е арестуван заедно с двамата си съучастници, бивш шпионин и финансист. Той беше представен такси за контрабанда в размер на 20 милиона еврокоито той носеше в частен самолет. По-късно адвокатът на длъжностното лице обясни, че отделението му отказва да признае вината си. Този скандал принуди оставката на президента на Ватиканската банка, както и на неговия заместник.
- На 19 юли 1982 г. тялото на Роберто Калви, известно още като "Банкер на Бога", е намерено на моста Блекфрийс. Председател на Банката на Милано Амброзиано (в която Ватиканът е основният акционер) обвинен в нелегален износ на особено големи суми в чужбина, Мъжът отлетя за Лондон, където беше убит, а по това време американският архиепископ, който също беше замесен в случая Калви, получи имунитет.
- Католически свещенослужител, обвинен в педофилия, беше арестуван за клевета, след като заяви, че гей проституцията процъфтява във Ватикана. Патрисио Поги беше задържан, след като разследващите заподозряха лъжа в изявленията си. Преди Подги твърди, че бившият полицай е отговорен за издирването на гейовете.
- На 23 май 2012 г. „дясната ръка“ на папа Бенедикт Паоло Габриеле беше арестувана за предаване на поверителни документи на Ватикана на италианския журналист Джанлуиджи Нузи. Той веднага побърза да разкрие наличието на корупция в стените на Ватиканаи Габриеле беше наказана за кражба. През октомври 2012 г. той беше осъден на 18 месеца домашен арест.